Drugi građanski rat u Engleskoj bio je još nemilosrdniji od prvog. Cromwell je izjavio da je razlog rata "popustljivost" prema protivnicima nakon pobjede. Pobjeda u prvom ratu pokazuje da Bog podržava puritance. Dakle, ovo je pobuna protiv Boga. Trupama je naređeno da se "osvete".
English distemper
Nakon eliminacije grofa od Stafforda i nadbiskupa Canterburyja, Charles je izgubio svoje najjače pouzdanike. Parlament je nastavio ofanzivu. Tražio je reformu crkve, ukidanje episkopije, pravo postavljanja i smjene ministara, kontrolu svih postupaka monarha. Karl je odbacio ove zahtjeve: "Ako bih pristao na ovo, postao bih samo duh, prazna kraljeva sjena." U novembru 1641. parlament je usvojio Veliku Remontstraciju, zbirku članaka u kojima su navedeni zločini krune. U vezi s ustankom u Irskoj, Engleska je odlučila formirati vojsku. Međutim, parlament je odbio smatrati kralja vrhovnim zapovjednikom.
Kralj se više nije mogao povući. Saznao je da njegov položaj ranije nije bio tako beznadan kao što se vjerovalo. Ima pristalice u samom parlamentu, županijama i narodu. Saznao sam da je prevaren igrajući "rat" sa Škotskom. Karlo I je pobjesnio i u januaru 1642 naredio je hapšenje pet glavnih zavjerenika. Međutim, "ptice su odletjele", kako je sam monarh primijetio. Kao odgovor, opozicija je izbacila sve pristalice kralja iz parlamenta, pobunila građane na pobunu. Kralj je odlučio napustiti pobunjeni London, otišao u Oxford i najavio okupljanje svojih pristalica. Parlament je počeo formirati policijske jedinice.
Izbio je spor građanski rat. Tri godine se odugovlačila bez mnogo rezultata. Bilo je više pristalica parlamenta, ali oni su bili loše organizovani i disciplinovani. "Kavaliri" (plemići rojalisti) bili su discipliniraniji i imali su vojno iskustvo. Kraljevim trupama komandovao je Karlov nećak, mladi princ Rupert, koji je imao iskustvo rata sa Španjolcima na strani holandskih pobunjenika i Tridesetogodišnjeg rata. Kraljevska konjica lako je pobijedila "okrugle glave" (naziv je došao po kratkoj kosi), parlamentarne milicionere. Međutim, kavaliri su djelovali bez posebnog plana, strategije i nisu iskoristili svoje prve pobjede. Bogatstvo Londona i velikih britanskih luka, resursi buržoazije isprva su uravnotežili sposobnosti gospode.
Kromvel i nova vojska
U međuvremenu, i sama opozicija se podijelila. Umjereni prezbiterijanci vladali su parlamentom. Ali radikalnije grupe su također ojačale. Nezavisni ("nezavisni") protivili su se bilo kojoj crkvenoj hijerarhiji (moći sinoda prezvitera) i kraljevskoj vlasti općenito. Tražili su autonomiju lokalnih crkvenih zajednica. Predložili su zamjenu monarhije republikom. Nivelatori ("izjednačavanja") su otišli još dalje. Rekli su da moć uopće nije potrebna, svaka zajednica može živjeti sama po "božanskim pravilima". Bilo je i anabaptista, braonista, kvekera, koji su sebe smatrali samo "spašenima", a ostatak svijeta zaglibio je u grijehu i poginuo.
U tim vjerskim prepirkama, koje su tada imale vodeći politički značaj, do izražaja je došao Oliver Cromwell. Potiče iz buržoaske puritanske porodice, izabran je za člana parlamenta i postao je ideološki protivnik kraljevske moći. Tokom previranja regrutovao je i opremio konjički odred od nekoliko desetina ljudi. Godine 1643. pod njegovim je vodstvom bilo već 2 tisuće ljudi. Dobili su nadimak "željezni". Njegov puk postao je poseban, ideološki. Kromvel je privukao radikalne sektaše: nezavisne, izravnjače, baptiste. Kromvel je uveo instituciju propagandnih propovednika (tadašnjih političkih komesara). Pratili su disciplinu i inspirirali borce. Njegovi vojnici nisu pili alkohol niti se kockali. Zbog lošeg ponašanja bili su strogo kažnjeni. Disciplina je bila gvozdena. U isto vrijeme, ideološki puk borio se krajnje brutalno. Ironsides je razbio hramove Anglikanske crkve, mučio svećenike, nije štedio rojaliste i papiste (katolike). Usko povezana ekipa počela je dobivati bitke. Primijetili su ga i počeli aktivno hvaliti. Kromvel je postao heroj revolucije.
Neovisni su se u borbi protiv prezbiterijanaca odlučili staviti na Cromwella. Njegovi uspjesi bili su napuhani, pretjerani, neuspjesi su prešućivani ili su za njih bili krivi prezbiterijanski zapovjednici. Kromvela su nazivali "spasiteljem". Sam zapovjednik je u to vjerovao, počeo se smatrati "izabranim" za spas zemlje. Pokazao se kao odličan političar - neprincipijelan i ciničan. Zajedno s Independentima, Cromwell je uspio postići demokratizaciju vojske. Prema zakonu o samoodricanju, svi članovi parlamenta dali su ostavku na komandu. Vršnjaci su izgubili tradicionalno pravo komandovanja vojskom. Thomas Fairfax postao je vrhovni zapovjednik, Cromwell je dobio drugo mjesto u vojsci, mjesto načelnika cijele konjice. Fairfax i Cromwell počeli su stvarati "novu uzornu vojsku" po uzoru na gvozdene. Vojsku je činilo preko 20 hiljada vojnika, ukupno 23 puka (12 pješačkih, 10 konjaničkih i 1 dragunski). Trupe su usađene u strogu disciplinu i ideologiju (vjerski radikalizam).
Poraz kralja
U ratu je došlo do prekretnice. Mnogobrojnije i sada dobro organizirane okrugle glave počele su tući gospodu. U odlučujućoj bitci kod Nasebyja 14. juna 1645. godine 13.000 armija parlamenta pod komandom Fairfaxa i Cromwella pobijedilo je 7.000 rojalista Karla i Ruperta. Kraljevska vojska prestala je postojati: 2 tisuće je ubijeno, 5 tisuća zarobljeno. Kralj je uspio pobjeći Škotima, ali mu je oduzeta arhiva gdje su se nalazili dokumenti o vezama s katolicima, Ircima i Francuskom. Parlament je izrazio Karlovu tajnu prepisku kao dokaz kraljeve dvoličnosti i izdaje.
Škoti su neko vrijeme držali kralja u zarobljeništvu, istiskivali su mu ustupke. U januaru 1647. Charles je prodan britanskom parlamentu za 400.000 funti. Bio je uhapšen i nije znao šta dalje sa kraljem. Prezbiterijanci su vjerovali da Karla treba vratiti na prijestolje, ali njegovu moć treba ograničiti. S kraljem su se vodili pregovori. Kromvel je takođe učestvovao u njima. Poslanici su se plašili da će kralj prekršiti obećanja, zaglibili su se u sporovima i došli do novih garancija. U međuvremenu su radikalni osjećaji rasli i jačali. Nezavisni su odbili vratiti krunu Charlesu i nazvali prezbiterijance "novim tiranima". Ponudili su stvaranje republike. "Izjednačivači" su generalno zagovarali univerzalnu slobodu i demokratiju. Drugi sektaši vukli su zemlju ka potpunoj anarhiji.
U isto vrijeme pojavila se prijetnja diktature. Vojska je postala nova politička snaga. Cromwell je formirao "Opće armijsko vijeće", koje je postalo novi politički centar, konkurent parlamentu. Cromwell je gurnuo Fairfaxa u drugi plan i postao de facto vrhovni komandant. Parlament se pokušao suprotstaviti novoj prijetnji. Uhapšeno je nekoliko vođa Independent -a i Levellera. Odlučili su poslati vojsku dalje - kako bi umirili Irsku i rasformirali preostale pukove. Kažu da je rat gotov, nema novca. Ali bilo je prekasno. Kromvel je osujetio demobilizaciju preko svojih komesara propovednika. Pukovi nisu rasformirani, odbili su se razoružati i nisu otišli u Irsku. Vijeće sve vojske pokrenulo je borbu za vlast i objavilo političke dokumente. Obećao je da će štititi "slobodu".
Drugi građanski rat
U međuvremenu, situacija u zemlji bila je žalosna. Nevolje su odnijele desetine hiljada života. Županije i gradovi su devastirani, preduzeća su prestala, poljoprivreda je pretrpjela velike gubitke. Cijene su brzo rasle, ljudi su gladovali. Pobednici su žurili da se nagrade. Oduzeta su oduzeta imanja kralja, rojalista i crkve. U grabežljivosti, prezbiterijanci i nezavisni nisu bili inferiorni jedni prema drugima. Ljudi su se ponovo pobunili. U Londonu su građani uzvikivali poslanicima da je pod kraljem život bolji. Karl je ponovo imao pristalice.
Karl je odlučio da ima priliku promijeniti sve u svoju korist. Uz pomoć oficira koji su mu bili naklonjeni, pobjegao je na otok Wight u novembru 1647. Kralja je podržavala flota. U Škotskoj su prezbiterijanci odlučili podržati kraljevsku vlast kako zemlja ne bi skliznula u potpuni kaos. U decembru 1647. kralj je sklopio sporazum sa škotskim predstavnicima: obavezao se da će priznati prezbiterijansku crkvu u zamjenu za vojnu pomoć. Karl je također počeo pregovarati s Ircima. Rojalističke pobune zahvatile su cijelu Englesku.
U "vojsci novog modela" počeli su nemiri. Nju su izravnali izravnavači. Pobunu su podigla četiri puka, tražeći izjednačavanje svih građana u pravima, preraspodjelu zemljišta. Cromwell je uspio ugušiti pobunu zahvaljujući svom ogromnom autoritetu. On je lično stigao u trupe i privukao vojne propovednike. Tuča je izbjegnuta. Police su "očišćene", vođe pogubljeni, aktivisti za nivelaciju otpušteni ili uhapšeni. Disciplina u vojsci je vraćena. Vojska je bačena na rojaliste i Škote. Drugi građanski rat bio je još nemilosrdniji od prvog. Cromwell je izjavio da je razlog rata "popustljivost" prema protivnicima nakon pobjede. Krivica kralja i njegovih pristalica sada je mnogo veća. Pobjeda u prvom ratu pokazuje da Bog podržava puritance. Dakle, ovo je pobuna protiv Boga. Vojnicima je naređeno da se "osvete". To je dovelo do brutalnih pogroma gradova i mjesta, spaljenih farmi i masovnih pogubljenja.
Pobunjenici nisu mogli odoljeti dobro organiziranoj i kohezivnoj vojsci. Većina ustanka bila je spontana. Na nekim mjestima pobunu su podigli rojalisti, na drugim prezbiterijanci, koji su pokušali zaštititi parlament od Cromwella, na trećem - samo izgladnjeli seljaci i mještani. Raštrkani i spontani ustanci brzo su se utopili u krvi. Zatim je Cromwell prešao na Škote. U kolovozu 1648. u bitci za Preston, 8 hilj. Kromvelova vojska slomila je 20 hiljada. kombinovana vojska Škota i rojalista. Škotska je tražila mir.
Diktatura
Nakon toga, Cromwell je slomio parlament. Vojska je naredila "čišćenje" prezbiterijanaca iz parlamenta. Donji dom je bio prestravljen. Odlučio sam pozvati kralja i pomiriti se s njim. Karl je pristao na pomirenje, došao je u London. Ali moć je već bila na strani Cromwella. Lako je odbacio svaki privid legitimiteta. U decembru su njegove pukovnije ušle u London i uhapsile Karla. Kapetan Pride provalio je u Donji dom, uhapsio ili protjerao 150 poslanika. Ostali poslanici su sami pobegli. Ostalo je 50-60 ljudi iz parlamenta, spremnih da glasaju onako kako Kromvelu treba. Ovaj ostatak je dobio nadimak "krnja".
Cromwell je izvršio veliku "čistku" i u Londonu. Pobunjenici, naklonjeni kralju i prezbiterijancima, protjerani su iz grada. Mnogi su ostali bez krova nad glavom, imovina, sredstva za život, nestali. Ostaci parlamenta, po uputstvu Cromwella, odlučili su u januaru 1649. suditi kralju. Rješenje bez presedana u to doba. Dom lordova odbio je prihvatiti ovu odluku. Dom lordova je raspušten. Kraljevski slučaj nije prihvatio nijedan sud. Osnovan je Vrhovni sud vojnih "svetaca". Sud je Charlesa proglasio krivim kao tiranina, izdajnika i neprijatelja otadžbine i osudio ga na smrt. 30. januara 1649. Charles je obezglavljen u Whitehallu. U februaru je ukinuta monarhija, osnovana republika i stvoreno Državno vijeće. Formalno, najveća moć u zemlji pripadala je parlamentu, ali je "krnja" bila potpuno podređena novom diktatoru. Kao rezultat toga, Cromwell je uspostavio ličnu diktaturu - protektorat.