Uprkos gušenju ustanka Bolotnikov i smrti njegovih vođa, previranja nisu prestala. Preživjeli "lopovi" pridružili su se vojsci Lažnog Dmitrija II i učestvovali u novoj kampanji protiv Moskve.
Opsada Moskve
Skoro odmah, pošto je pobunjenička vojska opsjedala Moskvu početkom novembra 1606., došlo je do raskola u logoru Bolotnikovita. Vojvoda Paškov je tokom neprijateljstava postigao veliki uspeh i želeo je da zadrži glavnu komandu. Ali Bolotnikov je predstavio pismo "velikog guvernera", koje je izdao sam "car Dmitrij". Pošto nije postigao podršku većine "komandira na terenu", Paškov je sa 500 plemića napustio Kolomenskoye i otišao u Kotly.
Šujski je u tom trenutku bio kritičan. Aktivna vojska je izgubljena, pojačanje još nije stiglo. Riznica je bila prazna. Gubitkom južnih okruga opskrba glavnog grada jeftinim kruhom prestala je. Postojalo je snažno bojarsko protivljenje moći cara Vasilija. Ljudi su mrmljali i brinuli, što su promovirali neprijatelji Shuiskyja i pristalice Lažnog Dmitrija.
Paškov je započeo pregovore s bojarima i ponudio izručenje Šujskih, koji su bili krivi za pobunu protiv "legitimnog kralja". Međutim, Šujski je uspio zadržati vlast i izbjeći narodni ustanak. Ubedio je ljude da će, ako Bolotnikovci uspeju, kazniti Moskovljane za ubistvo Lažnog Dmitrija.
Car je pozvao odane građane i poslao ih kao ambasadore u kamp Bolotnikov. Pokret je bio vrlo uspješan. Predstavnici posada obećali su da će predati glavni grad bez borbe ako im se pokaže "odbjegli Dmitrij". Bolotnikov je povjerovao glasnicima i poslao glasnike u Putivl sa zahtjevom da ubrza dolazak "Dmitrija" u rusku državu. Međutim, Dmitrij nije postojao.
Kao rezultat toga, Bolotnikova je vojska (umjesto odlučnih akcija opsade glavnog grada i pokušaja izazivanja ustanka u gradu) oklijevala. Čekao sam dolazak "kralja". U to vrijeme djelovale su pristalice Shuiskyja. Kupili su vrijeme i čekali dolazak pojačanja.
Izaslanici (koji su stigli u Bolotnikovljev logor) izviđali su snage, uspostavili kontakte sa nezadovoljnima (prvenstveno sa plemićima). Takvi izvanredni vođe pobunjenika poput Lyapunova, unatoč mržnji prema Shuiskyu, počeli su razmišljati o pomirenju s njim. Elementi ljudi su ih uplašili.
Crkva je pomogla u pronalaženju načina "ispravljanja". Patrijarh Hermogen uplašio je "najbolje ljude" da će ih "nasilnici" tući, podijeliti svoja dobra, žene i djecu. Uzimajući u obzir veliki autoritet Lyapunova među pobunjenicima, car Vasilij je odlučio da mu dodeli čin plemića Dume.
Lopovi su pretučeni
Sredinom novembra Bolotnjikovci su pokušali s juga pokrenuti ofenzivu na Moskvu. Shuiskyjeva vlada je obaviještena o ovom napadu i pripremljena. Usred bitke, Lyapunov sa 500 konjanika iz Rjazanije prešao je na stranu Šujskog. Guverneri Paškov i Sumbulov, mnogi plemići, prešli su na stranu cara Vasilija.
Pobunjenici su morali da se povuku. Istina, Bolotnikova vojska nije oslabila. Priliv novih odreda u njegov logor nije prestao. Desetine hiljada naoružanih ljudi bilo je pod zastavom "Dmitrija". Talas ustanka zahvatio je južni dio Rusije - od zapadnih granica do srednjeg i donjeg dijela Volge.
Nedelju i po dana nakon neuspešnog napada, Bolotnikov je poslao odred u Krasno Selo, kako bi potom potpuno blokirao glavni grad. No, Shuisky je o tome na vrijeme obaviješten. Vladine trupe dočekale su pobunjenike i odvezle ih nazad do Kolomenskog. Krajem novembra u Moskvu je stigao odred smolenskih milicija. Sada je vlada Šujskog imala snage za odlučujuću bitku. Car je sve pukove podredio svom nećaku, mladom Skopinu, koji je već pokazao svoj liderski talenat i odanost prestolu.
Početkom decembra 1606. Skopin-Shuisky napao je neprijatelja u blizini sela Kotly. Prelazak vojnika iz vojske Bolotnikov na stranu vladinih snaga usred bitke odlučio je ishod bitke. Skopin-Shuisky je pobijedio i
"Pretukli su lopove i mnoge uhvatili žive."
Pobunjenici su se ponovo povukli u Kolomenskoye i tamo utvrdili. Carski guverneri podigli su artiljeriju i počeli granatirati Bolotnikovljev logor. Tri dana su carske trupe pucale na Bolotnikovite, a četvrti dan zauzele su Kolomenskoje.
Sam Bolotnikov je uz osobnu sigurnost uspio probiti okruženje i pobjegao u Kalugu. Shuisky se brutalno obračunao sa zarobljenim "lopovima". Svake noći stotine ih je odvedeno na rijeku Moskvu, pretučeno palicama po glavi i spušteno ispod leda.
Opsada Kaluge
Poraz Bolotnikovljeve vojske u blizini Moskve nije doveo do kraja previranja. U Kalugi su se nove snage okupile oko Bolotnikova. Grad je bio spreman za opsadu. Rovovi su očišćeni, palisada na bedemu obnovljena. Carski pukovi pod komandom Dmitrija Šujskog (kraljevog brata) pokušali su zauzeti tvrđavu u pokretu.
Bolotnikovci su pružili žestok otpor u dvodnevnoj bitci od 11. do 12. decembra, napad nije uspio. Opsada je počela. Pobunjenici su u više navrata hrabro napadali, nanoseći štetu vladinim trupama. Pojačanja su stigla iz Moskve pod komandom Ivana Šujskog (mlađeg brata cara Vasilija), donijela su tešku "odjeću" (artiljeriju). Topovi su danonoćno pucali na grad.
Carski ratnici napunili su opkop i donijeli do zidova "znakove" od drva i drva za ogrjev. Pobunjenici su mogli iskopati galeriju pod zemljom i razneti "predznak" sa vojnicima na njoj. Najjača eksplozija izazvala je komešanje u kampu Shuisky. Snažno iskrcavanje iz tvrđave dovršilo je pobjedu pobunjenika. Carske trupe su se ponovo povukle.
Carević Petar
Još za života Lažnog Dmitrija I pojavio se još jedan varalica - "Carević Petar". Kozak Ileiko Muromets (Ilya Korovin) predstavljao se kao carević Petar Fedorovič, koji u stvarnosti nikada nije postojao kao sin cara Fedora I Ivanoviča.
Volga i Terek Kozaci podržavali su "lopovskog princa" kako bi svojim postupcima dao izgled legalnosti. Pobunjeničke snage u regiji Donja Volga ujedinile su se oko njega. Saznavši za smrt "Dmitrija", Lažni Petar se sklonio kod donskih kozaka. Vijest o ustanku Bolotnikova izazvala je novi pokret odreda "Carević". Doveo je oko 4 hiljade vojnika u Putivl. Kozaci su, iskorištavajući činjenicu da je na njihovoj strani bila stvarna moć, praktično preuzeli vlast u gradu. Princ Grigorij Šahovski morao je ustupiti vlast "careviću".
Lažni Petar je po rođenju bio jednostavan čovjek i nije privlačio "carevića". Stoga je uskoro počeo teror protiv svih "sumnjičavih" u njegovo porijeklo. Plemići koje je "Dmitrij" držao u pritvoru suđeni su brutalno pogubljeni u ime "pravog" Petra.
Izvori su to izvijestili
"I plemići i namjesnik, koji su dovedeni … svi su pobijeni raznim pogubljenjima, drugi su bačeni s kula, stavljeni na kolce i posječeni."
Također, "lopov Petrushka" priredio je "zabavu medvjeda": zatvorenici su se trovali u ogradu medvjedima ili su, ušiveni u medvjeđu kožu, pustili pse na njih.
Baveći se plemenitim protivnicima, Ileyka se istovremeno okružio plemenitim ljudima koji su mu bili odani i osnovao je svoju Bojarsku dumu. On je dijelio nagrade i zemlje. Plemići su vodili pobunjeničke odrede.
Istina, prava moć bila je u kozačkom krugu. Varalica je pokušao uspostaviti savez sa Komonveltom. Poljski kralj Sigismund nije žurio da se upusti u avanturu. Međutim, Ivan Storovsky pojavio se u logoru Putivl s litvanskim vojnicima. Počelo je formiranje poljskih kompanija za pomoć pobunjeničkoj vojsci. Iz Putivlja "carevića" Petar se preselio u Tulu.
U to je vrijeme Vasilij Šujski pokušao promijeniti raspoloženje ljudi (prvenstveno Moskovljana) u svoju korist. Ponovno su uznemirili pepeo Dmitrija Uglitskog kako bi dokazali njegovu smrt. Zatim su uznemirili tijela mrtvih Godunova. Kapital je otplatio dug izgubljene dinastije. Svrgnuti Job pozvan je u glavni grad.
Dva patrijarha i Sveti sabor morali su dokazati zakonitost izbora cara Vasilija. Job je molio stanovnike glavnog grada da ne naruše njihovu lojalnost novom autokrati. Kako bi pridobio zemljoposjednike na svoju stranu, Shuisky je izdao dekret o potrazi za odbjeglim kmetovima mlađim od 15 godina. Carska vlada pokušala je oslabiti redove pobunjenika i na dnu. "Dobrovoljnim" robovima, kojima su gospoda silom porobila, obećana je sloboda.
Opsada Tule
Kraljevska vojska pod komandom Vorotynskog poslana je u Tulu da uhvati prevaranta. Ali pobunjenička vojska, predvođena Teljatevskim, stala joj je na put. Ironično, princ Andrei Telyatevsky ranije je bio vlasnik Bolotnikova.
Telyatevsky je u ožujku 1607. kod Tule pobijedio Vorotynskog. Zatim se preselio u Kalugu i na putu do nje susreo se sa jakom carskom vojskom pod komandom namjesnika Tateva, Čerkaškog, Baryatinskog i Paškova. Ova vojska je takođe uključivala razbijene pukove Vorotynskog.
U tvrdoglavoj bici na Pchelni, koja se dogodila početkom maja 1607., vladine trupe bile su potpuno poražene. Mnogi vojnici su ubijeni, zarobljeni ili su prešli na stranu Bolotnikovita. Ubijeni su knezovi Tatev i Čerkaski.
Ovaj poraz potpuno je demoralizirao vojsku Shuiskysa kod Kaluge. Bolotnikovljeve trupe izvršile su snažan napad. I carske trupe su pobegle. Pobunjenici su zauzeli svu artiljeriju, rezerve carske vojske. Mnogi ratnici prešli su na stranu pobunjenika.
Nakon ove pobjede, Bolotnikov se preselio u Tulu i ponovo pokušao pokrenuti ofenzivu protiv Moskve. Carska vlada poslala je novu vojsku protiv pobunjenika. Na čelu je bio kralj lično. Uključivala je pukove Skopin, Urusov, Ivan Šujski, Golicin i Ljapunov.
Na rijeci Vosmi kod Kašire, 5-7. Juna 1607. godine, Bolotnjikovci su počeli pritiskati bok carske vojske. Međutim, jedan od pobunjeničkih odreda prešao je na stranu carskih trupa. Lyapunovljevi Rjazanci otišli su u pozadinu pobunjenika. U pobunjeničkim snagama izbila je panika. Pobjegli su natrag u Tulu. Mnogi zarobljenici su pogubljeni.
Dana 12. juna 1607. napredni pukovi carske vojske pod komandom Skopina-Šujskog stigli su do Tule. Krajem mjeseca stigao je car Vasilij sa glavnim snagama i artiljerijom.
Carska vojska se sastojala od 30-40 hiljada vojnika. Bolotnikov i Lzhepetr imali su oko 20 hiljada ljudi.
Utvrđenja Tule bila su moćna, a Bolotnikovci su se tvrdoglavo i hrabro branili. Napravili su nalete, odbili sve napade. Opsada se trajala do oktobra.
Kako bi prisilile opsjednute da polože oružje, kraljevske snage izgradile su branu na rijeci Upi, koja je tekla kroz grad. Jesenja poplava dovela je do poplave Tule. Zalihe su zamrle. U gradu su počele bolesti i glad. Među bojarima je počela zabuna. Mnogi su bili spremni otvoriti kapije i izdati Bolotnikova i "carevića" kako bi im spasili živote.
Poslali su ambasadore u Shuisky -
"Prebijte svoje čelo i donesite svoju krivicu da biste im priznali, dali im krivicu, a oni će se predati lopova Petrushke, Ivashke Bolotnikov i njihovih izdajica izdajnicima."
Bolotnikov je pozvao ljude da se drže. Više puta je pozivao "Dmitrija" da pritekne u pomoć, ali bez uspjeha.
Bolotnikov je bio primoran priznati da ne može sa sigurnošću reći je li stvarni ili izmišljeni kralj osoba kojoj se zakleo na vjernost u Sambiru.
U međuvremenu se lažni Dmitrij II konačno pojavio u Rusiji i pobijedio logor u Starodubu. U rujnu se njegova vojska počela kretati, zauzevši Pochep, Bryansk i Belev.
U oktobru su napredni odredi varalice zauzeli Epifana, Dedilova i Krapivnu, stigli do prilaza Tuli, ali bilo je prekasno. Situacija u Tuli postala je sve očajnija. Smrt je pokosila ratnike i obične ljude.
Uvidjevši da je situacija beznadna, Bolotnikov i "carević" sami su započeli pregovore s carem Vasilijem, nudeći mu da preda Tulanski Kremlj u zamjenu za očuvanje života, u protivnom prijeteći da će se opsada potrajati sve dok je barem jedna osoba živa.
Shuisky je obećao. 10. (20.) oktobra 1607. Tula je kapitulirala.
Većina običnih "zatvorenika Tule" pomilovana je i otpuštena svojim kućama. No, neki od pobunjenika su zatočeni i poslani u zatvor u različitim gradovima. Bolotnikov i Ileyka su odvedeni u Moskvu, gdje su ih ispitivali. "Princ lopova" pogubljen je u Moskvi. Ivan Bolotnikov je prognan u Kargopol (grad na sjeveru Rusije), gdje je zaslijepljen i utopljen.
Uprkos gušenju ustanka Bolotnikov i smrti njegovih vođa, previranja nisu prestala.
Preživjeli "lopovi" pridružili su se vojsci Lažnog Dmitrija II i učestvovali u novoj kampanji protiv Moskve.