Smrt Lažnog Dmitrija nije zaustavila Nevolje. Građanski rat se nastavio, pokrivajući nove zemlje, pojavili su se novi prevaranti. U prvom mjesecu svoje vladavine, Vasilij Šujski morao je suzbiti nekoliko pokušaja nastupa gradskih nižih klasa u Moskvi. U Moskvi su se bojali da će poljski kralj Sigismund započeti rat za svrgavanje varalice i premlaćivanje Poljaka. Stoga su od nekoliko hiljada poljskih gostiju i plaćenika Lažnog Dmitrija koji su preživjeli majski ustanak u Moskvi oslobođeni samo obični ljudi, a plemeniti ljudi ostavljeni su kao taoci, dobro održavani i distribuirani pod nadzorom u različitim gradovima. Šujski je prekršio diplomatski bonton i čak je pritvorio poljsku ambasadu Gonsevskog u Moskvi.
Međutim, ti strahovi su bili uzaludni. Sama Poljska je imala teških vremena. Poljaci su započeli rat sa Švedskom i oduzeli joj grad Pernov (Pärnu) u Livoniji. Osim toga, zaporoški kozaci, predvođeni hetmanom Sagaidačnim, izveli su niz uspješnih napada i opljačkali Kafu i Varnu. To je razljutilo Osmanlije i objavili su rat Komonveltu. Istina, glavne snage turske vojske bile su povezane s ratom s Perzijom, a pomoćne trupe poslane su protiv Poljske, a Poljaci su odbili napad. U samoj Poljskoj neki magnati nezadovoljni kraljevom politikom podigli su bunu. Zemlju je zahvatio građanski rat. Stoga Poljaci nisu imali vremena za Moskvu.
Tako je Moskva previdjela ozbiljniju prijetnju - unutrašnju. Uostalom, problemi koji su uzrokovali nevolje nisu riješeni. Vanjska prijetnja je igrala važnu, ali ne i glavnu ulogu. Pokrajina je bila ogorčena: Bojarska duma izabrala je cara bez potrebne podrške svih zemalja. Ispostavilo se da su bojari ubili "dobrog cara" i zauzeli vlast, predavši prijestolje "bojarskom caru". Pokrajina je ključala: pojam za traženje bjegunaca povećan je na 15 godina; vojnici su se sjetili velikodušnih nagrada Lažnog Dmitrija; stanovnici juga plašili su se odmazde i terora (kao pod Godunovim) zbog pomoći varalici; zabrinut za Kozake, koji su aktivno podržavali lažljivca; Shuisky se riješio pristalica Lažnog Dmitrija, otprativši ih iz glavnog grada, mnogi su poslati u južne pogranične krajeve.
U ljeto 1606. godine spontani su ustanci zahvatili cijeli jug zemlje, koji su uzburkali glasine o "spasenju dobrog cara Dmitrija". Središte borbe protiv novog kralja u Sjevernoj zemlji bio je "glavni grad" prvog varalice - Putivl. Ovdje su pobunjeni građani, seljaci, za "velikog zapovjednika" izabrali Ivana Bolotnikova, koji im je došao sa odredom. Ivan Bolotnikov, prema najraširenijoj verziji, bio je kmet kneza Telyatevskog. U mladosti je bježao od gospodara u stepu kod Kozaka, ovdje su ga uhvatili Tatari i prodali Turcima u ropstvo. Nekoliko je godina proveo u ropstvu, na galijama kao veslač. Nakon neuspješne pomorske bitke s kršćanskim brodovima za Turke, pušten je i uputio se u Veneciju, gdje je živio u njemačkom trgovačkom naselju. Odavde, nakon što je čuo priče o početku nevolja u ruskoj državi, Bolotnikov se preselio kroz Njemačku i Poljsku u Rusiju. Glasine o "čudesnom spasenju" moskovskog cara Dmitrija dovele su Ivana u Sambor, gdje se moskovski bjegunac Mihail Molčanov, bivši saveznik Lažnog Dmitrija I. Molčanova, krio sa svojom suprugom Jurijem Mnišek Jadvigom i predstavio se kao kralj. Ovaj avanturista predstavio se Bolotnikovu kao car koji je pobjegao nakon majskog prevrata u Moskvi. Novi varalica dugo je razgovarao s Bolotnikovim, a zatim mu dostavio pismo knezu Grigoriju Šahovskom i poslao ga u Putivl kao svog ličnog izaslanika i "velikog vojvodu".
Zapravo, građanski rat je ušao u aktivnu fazu. Bolotnikovljeva vojska uključivala je glavne posjede i društvene grupe ruske države: seljake i robove, kocke Seversk, Terek, Volgu i Zaporožje, predstavnike plemstva. Osim toga, ustanak su podržali predstavnici aristokracije, među njima knez Grigorij Šahovski i černigovski vojvoda Andrej Telyatevsky, bivši vlasnik Bolotnikova.
U ljeto 1606. godine 30 hilj. Bolotnikova vojska krenula je ka Moskvi. Zauzete su tvrđave Kromy i Yelets, čiji je bogati arsenal napunio rezerve pobunjenika. Vladine trupe pod komandom namjesnika knezova Vorotinjskog i Trubetskoja poražene su kod Kromija i Jeleta. Mnogi vojnici iz carskih trupa prešli su na stranu pobunjenika. Iskorištavajući greške carskih namjesnika, pobunjenici su brzo napredovali prema Moskvi. Sve više odreda pobunjenih seljaka slilo se u vojsku Bolotnikova. Štaviše, na putu za Moskvu, veliki odredi službenih velikaša pridružili su se Bolotnikovu, koji se suprotstavio bojarskom caru Šujskom. Viši guverner Rjazanije Prokopy Lyapunov i mlađi - Grigorij Sumbulov, vodili su rjazansku miliciju, streljački centurion Istoma Paškov - veliki odred službenika. Tula, Kašira, Kaluga, Možajsk, Vjazma, Vladimir i Astrahan pobunili su se. Na Volgi su se pobunili Mordovci i Mari (Cheremis) koji su opsjeli Nižnji Novgorod.
Pobunjenici na putu za Moskvu približili su se Kolomni. U oktobru 1606. Posad Kolomna je zauzet napadom, ali se Kremlj i dalje opirao. Ostavljajući manji dio svojih snaga u Kolomni, Bolotnikov je krenuo kolomnskim putem prema Moskvi. U selu Troitskoye, okrug Kolomensky, uspio je poraziti vladine trupe. Bolotnikovljeva vojska je 22. oktobra bila stacionirana u selu Kolomenskoye u blizini Moskve. Ovdje je sagradio zatvor (tvrđavu) i počeo slati pisma u Moskvu i razne gradove, pozivajući ih da podrže zakonitog suverena Dmitrija Ivanoviča i pobuđujući siromašne i siromašne protiv bogatih. „Svi vi, božanski robovi, tucite svoje bojare, uzmite njihove žene i svu njihovu imovinu, imanja i imanja! Vi ćete biti plemeniti ljudi, a vi, koji ste se zvali špijuni i bezimeni, ubijate goste i trgovce, dijelite trbuhe među sobom! Bili ste posljednji - sada ćete primati bojare, lukavstvo, vojvodstvo! Poljubi sav krst zakonitom vladaru Dmitriju Ivanoviču! Stoga su put Bolotnikovljevih trupa pratili strašni pogromi, ljudi su na teror odgovarali užasom, borili se kao da su stranci u blizini (carske trupe na teritorijima zahvaćenim ustancima djelovale su na sličan način).
Bolotnikovljeva milicija nastavila je rasti, odvojeni odredi, uglavnom od robova, koji su svojim napadima i pljačkama držali glavni grad u opsadnom stanju, isticali su se od njega. U novembru su se kozaci Ilejke Muromets pridružili Bolotnikovu. Bio je još jedan varalica, predstavljajući se kao carević Petar Fjodorovič, koji u stvarnosti nikada nije postojao kao sin cara Fjodora I Ivanoviča. Moskovljani su već bili spremni poslušati Bolotnikova, tražeći samo da im pokažu carevića Dmitrija, pa su čak i započeli pregovore s njim. Oduševljeni Bolotnikov poslao je glasnike u Putivl. Kao, neka "car" dođe prije, pobjeda je blizu. Ali Dmitrij se nikada nije pojavio. Mnogi su počeli da izražavaju sumnju u postojanje Dmitrija i prešli na stranu Šujskog.
U međuvremenu, Shuisky nije mirno sjedio i aktivno se pripremao za protunapad. Predgrađa i naselja Moskve bila su utvrđena. Trupe namjesnika Skopin-Shuisky, Golitsyn i Tatev smjestile su se na Serpuhovsku kapiju, odakle su posmatrale neprijateljski logor. Uspostavljena je komunikacija između Moskve i okolnih gradova, trupe su čuvale puteve. U novembru je pojačanje stiglo iz Tvera i Smolenska, koje su uglavnom činili plemići i mještani. U isto vrijeme, Shuisky se aktivno pregovarao s plemenitim dijelom pobunjeničkog logora. Ljapunovi i Paškov mrzili su Šujskog, ali su se plašili pobune "rulje".
Bolotnikova vojska narasla je na 100 hiljada ljudi (njegove trupe djelovale su na ogromnoj teritoriji), ali su njegove borbene sposobnosti pale. Među pobunjenicima bilo je mnogo robova, skitnica, seljaka koji nisu imali borbenog iskustva, bili su slabo naoružani i organizirani. Kozaci i plemići - dva borbena jezgra vojske, bili su prezreni. Međutim, i oni su se suprotstavljali. Kao rezultat toga, došlo je do podjela u vojsci Bolotnikov: jedan logor činili su plemići i bojarska djeca, a drugi - robovi, kozaci i drugi ljudi. Ovi drugi su za vođe imali Ivana Bolotnikova, prvi - Istomu Paškova i braću Ljapunov. Do neslaganja je došlo između vođa, pa su prvo Lyapunovi, a zatim i Istoma Paškov prešli na stranu Šujskog. Šujski je u međuvremenu temeljito utvrdio Moskvu i oformio novu vojsku od milicija drugih gradova. Osim toga, Shuisky je namamio mnoge plemiće iz logora Bolotnikov obećavajući im nagradu i činove.
Vidjevši da se situacija pogoršava i snage Šujskog rastu, Bolotnikov je odlučio napasti. Pokušao je 26. novembra zauzeti manastir Simonov, ali su ga carske trupe porazile pod komandom mladog i talentovanog komandanta, nećaka cara Mihaila Skopina-Šujskog. U odlučujućem trenutku bitke, veliki plemićki odred Paškova napustio je kamp pobunjenika, što je odlučilo ishod bitke u korist carske vojske. Bolotnikovljeve trupe bile su ukorijenjene u logoru Kolomna. Skopin-Shuisky je opsjedao Bolotnikovce i počeo granatirati. Car Vasilij pokušao je postići dogovor sa samim Bolotnikovim, obećao je visok čin, ali vođa pobunjenika odbio je mir. Nakon trodnevne artiljerijske vatre, šarolika vojska Bolotnikova nije izdržala i pobjegla je. Dio Kozaka zauzeo se u selu Zaborie, gdje su 2. decembra pobunjenici ponovo poraženi. Kozaci atamana Bezzubtseva prešli su na stranu Skopina-Šujskog. Car Vasilij im je oprostio. Ostatak zarobljenika odvedenih u borbi ili tokom leta obješeni su ili omamljeni palicama, utopljeni. Bolotnikov je pobjegao u Serpukhov, a zatim je Kaluga, Ileika Muromets otišao u Tulu.
Tako pobunjenici nikada nisu uspjeli zauzeti glavni grad. U odlučujućoj bitci, bolotnikovci su poraženi od carskih vojvoda, što je olakšano izdajom plemićkih odreda koji su prešli na stranu cara Vasilija Šujskog.
Bolotnikov je u Kalugi okupio oko 10 hiljada ljudi. Opsjele su ga carske trupe. Međutim, glavni zapovjednik bio je netalentovani brat cara Ivana Šujskog. Kao rezultat toga, opsada Kaluge produžila se od decembra 1606. do maja 1607. godine. Pobunjenici su se vješto i očajnički branili, odbijali napade, vršili odvažne borbe, nanoseći veliku štetu carskim trupama. Carski guverneri odlučili su da spale drvenu tvrđavu i, mobilizirajući okolne seljake, počeli su opskrbljivati ogrjev kojim su obložili zidove. Međutim, pobunjenici su pogodili ovaj plan i raznijeli "čišćenje", ubivši i osakativši veliki broj carskih ratnika. U to su vrijeme drugi pobunjenici pokušali deblokirati Kalugu, ali su poraženi. Tako je odred Mezeckog, koji je iz Putivla poslao Šahovski da spasi Bolotnikova, pobijedila vojska Ivana Romanova na rijeci. Vyrke.
Kasnije su trupe Teljatevskog i Pseudo-Petra pokušale probiti se do Bolotnikova. Donski i ukrajinski kozaci porazili su 1. maja 1607. carske trupe na rijeci Pčelni. Iskoristivši zabunu među opsadnom vojskom, Bolotnikov je krenuo u napad i porazio carske namjesnike, koji su se povukli, napustivši artiljeriju i voz za prtljag. Dio carskih trupa prešao je na stranu pobunjenika. Samo se puk Skopin-Shuisky povukao u savršenom redu. Nakon toga Bolotnikov se preselio u Tulu, gdje je bila moćnija kamena tvrđava, i ujedinio se s drugim pobunjeničkim odredima.
Tada je Bolotnikov započeo drugu kampanju protiv Moskve. Međutim, car Vasilij nije sjedio skrštenih ruku. Najavljena je mobilizacija "tribute" ljudi ("tribute" - ratnici pozvani iz mještana i seljačkih zajednica) u cijeloj zemlji, koji je lično predvodio veliku vojsku koja se formirala u Serpuhovu. Središta ustanka postepeno su se rušila. Izgrednike su odvezli iz Nižnjeg Novgoroda. A. Golitsyn je porazio Telyatevsky kod Kašire. Pojava nekog nepoznatog Petra umjesto očekivanog „dobrog cara“Dmitrija, koji je izazvao teror protiv protivnika, rashladio mnoge, pobunjeni gradovi su se smirili, donijeli priznanje. U maju je carska vojska krenula prema pobunjenicima. U kampanji je učestvovao i sam car, a pojedinim pukovima su komandovali Mihail Skopin-Šujski, Petar Urusov, Ivan Šujski, Mihail Turenjin, Andrej Golicin, Prokopije Ljapunov i Fjodor Bulgakov.
Bolotnikovci su pokušali zaobići glavne snage carske vojske i otići do Moskve, ali zaobilazeći Kaširu, pobunjenici su se sreli sa bokom carske vojske kod rijeke Vosme. Od 5. do 7. juna 1607. godine dogodila se bitka. Bolotnikovci su imali prednost u snazi - 30-38 hiljada vojnika. Međutim, guverner Tule izdao je Bolotnikova i sa 4 hiljade. odred je prešao na stranu carskih trupa. Ryazanski odredi Lyapunova ušli su u pozadinu Bolotnikovljeve vojske. To je izazvalo paniku među Bolotnikovcima i oni su se povukli. Dio Bolotnikovljevih trupa bio je odsječen i zarobljen, zarobljenici pogubljeni. Nakon bitke kod Vosemska, Bolotnikovljeva vojska je odbačena natrag u Tulu.
Car Vasilij Šujski poslao je nekoliko pukova na čelu sa Mihailom Skopinom-Šujskim po Bolotnikova. Na periferiji Tule, Bolotnikov je odlučio boriti se na rijeci Voronya, pobunjenici su se zatvorili serifima i dugo su odbijali nadiranje carske konjice. Obje strane pretrpjele su velike žrtve. Međutim, strijelci su izvršili kružni manevar, Bolotnikovci su se kolebali i potrčali, mnogi su poginuli tokom potjere. Bolotnikov je u ovim borbama izgubio polovicu svoje vojske - oko 20 hiljada ljudi. S ostatkom se zaključao u Tuli. Tako je Bolotnikov pretrpio odlučujući poraz i izgubio stratešku inicijativu.
30. juna sam car Vasilij sa glavnom vojskom prišao je Tuli. Savremenici su izvijestili da je carska vojska brojala 100-150 hiljada ljudi. Bolotnikov i "Carević Peter" nemaju više od 20 hiljada ljudi. Opsadno oružje počelo je granatirati grad s obje obale. Međutim, Tula je imala moćna utvrđenja, a Bolotnikovu je ostalo najefikasnije jezgro pobunjenika. Stoga su se opkoljeni držali do oktobra 1607. U ranim fazama opsade, branitelji grada su vršili nalete i hrabro se branili. Svi pokušaji carskih guvernera da olujno zauzmu grad pokazali su se neuspješnim.
Tada su carske trupe, na ideju muromskog sina bojara Ivana Krovkova, odlučile da branom blokiraju rijeku Upu ispod grada kako bi Tula bila poplavljena. Na desnoj močvarnoj obali podignuta je brana veličine oko pola milje, koja je trebala spriječiti izlijevanje rijeke u nizine tokom jesenske poplave, ali izazvati nagli porast vodostaja. Zaista, jesenska poplava potpuno je odsjekla grad od vanjskog svijeta, pretvarajući ga u močvarno ostrvo usred potpuno poplavljene ravnice. Mnogo je municije oštećeno, kao i zalihe žita i soli uskladištene u podrumima. Ubrzo je u Tuli počela strašna glad i epidemija, što je pogoršalo unutrašnje kontradikcije među pobunjenicima. Pobunjenici su pokušali minirati branu, ali je isti Kravkov upozorio Shuiskyja, ali pokušaj nije uspio.
Bolotnikov je tokom opsade više puta slao glasnike Mihailu Molčanovu i Grigoriju Šahovskom, ali bez uspjeha. I car Vasilij se suočio s novom prijetnjom. Pojavio se novi varalica - Lažni Dmitrij II, koji je već uspio zauzeti Severščinu, Brjansk i Verhovsku zemlju. Bolotnikovu su ponuđeni pregovori o uslovima predaje grada. Šujski je obećao da će očuvati slobodu za vođe i učesnike ustanka. Postignuti sporazum zapečaćen je svečanom zakletvom, a 10. oktobra 1607. Tula je otvorila vrata carskoj vojsci.
Car Vasilij je prevario vođe ustanka. Shuisky je požurio objaviti da se oprost odnosi samo na obične "zatvorenike iz Tule", a ne i na vođe ustanka. Tuljaci su zaista pomilovani, pobunjeni plemići izašli su sa prognanicima. Šahovski je zamonašen. "Carević Petar" je obješen. Bolotnikov je poslan u Kargopol i potajno se utopio. Mnogi obični pobunjenici poslati su u gradove, a oni koji su završili u Moskvi, bez buke i prašine, bili su zadavljeni.
Tako je moskovska vlada ugasila seljački rat mobilizirajući gotovo sve rezerve i terorom odgovarajući na teror. Međutim, Šujski je, rasformiravši veći dio vojske i misleći da se previranjima bliži kraj, pogriješio u izračunu. Sve je tek počinjalo. Pojavio se drugi Lažni Dmitrij, kojem su se pridružili ostaci bolotnikovca. Poljska je ponovo postala aktivna.
