14. kolovoza 1775. godine, dekretom ruske carice Katarine II, Zaporoška seč je konačno ukinuta. Nakon ponovnog ujedinjenja značajnog dijela Male Rusije sa ruskom državom 1654. godine, privilegije su proširene na vojsku Zaporožja, koje su uživale i druge ruske kozačke trupe. Zaporoški kozaci imali su važnu ulogu. Kozaci su branili južne granice Rusije, igrali važnu ulogu u ratovima s Krimskim kanatom i Osmanskim carstvom. Stoga su Kozaci zadržali određenu autonomiju od središnje vlasti. Međutim, Kozaci su sklonili bjegunce koji su se skrivali u Zaporožkoj Siči od progona carskih vlasti. Osim toga, postojala je opasnost od pobune protiv centra, saveza s vanjskim neprijateljima Rusije.
Tako su 1709. godine koshevojski ataman Kost Gordienko i hetman Mazepa potpisali saveznički sporazum sa švedskim kraljem Karlom XII. Zaporoška Seč pridružila se savezu Mazepe i Karla protiv Rusije. Bilo je nekoliko sukoba između Kozaka i ruskih trupa. Petar daje naređenje knezu Menšikovu da premjesti tri puka iz Kijeva na Sič pod komandom pukovnika Yakovleva kako bi "uništio cijelo gnijezdo pobunjenika". Sič je uništena, a kasnije Petar nije dopustio da se obnovi. Kozaci su osnovani na zemljama koje su kontrolisali Turci i krimski Tatari, Kamenskaya (1709-1711) i Aleshkovskaya Sich (1711-1734). Međutim, nisu dugo potrajali.
1733. godine, kada je, nakon izbijanja rata između Ruskog carstva i Turske, krimski kan naredio kozacima iz Aljoškovske seče da idu do ruske granice, generalu Veisbahu (u to vrijeme bio je angažovan na izgradnji ukrajinskog linija tvrđava) uručila Kozacima certifikat u traktu Krasni Kut, 4 koraka od stare Čertomlytske Seče. Kozaci su primili pismo od carice Ane Ioannovne o pomilovanju i prijemu u rusko državljanstvo. Kao rezultat toga, stvorena je Nova (Podpolnenskaya ili Pidpilnyanskaya) Siča, koja je postojala do konačnog uništenja Zaporoške Siče 1775.
Nova Sich se jako razlikovala od stare. Ona nije postala samo vojni, već i ekonomski, politički organizam. Kozaci su dobili punu samoupravu i zemlju za naseljavanje. Pojavile su se nove strukture - "palanke". To su bile svojevrsne "provincije" Siče u Samari, Miusu, Bugu, Inguletima itd. Svakom palankom upravljali su pukovnik, esaul i službenik, koji su bili podređeni Košu. Zemlja je postala glavni izvor prihoda Kozaka, a ne plaća. U blizini Siča naselili su se "zimski čački" - oženjeni Kozaci, koji nisu imali pravo glasa u parlamentu, niti pravo da budu birani na dužnost i bili su dužni plaćati "dim" u sičansku blagajnu, odnosno vrsta porodične takse. Osim oženjenih Kozaka, počeli su se tako zvati i vanzemaljci (uglavnom seljaci, siromašni ljudi koji su tražili bolji život), koji su dolazili iz velikoruskih provincija, desno-obale Ukrajine i turskih posjeda. Nisu se smatrali kozacima, već su bili podanici Siče, snabdjevali su ih hranom i plaćali 1 rublju godišnje. Stanovnici Siča živjeli su od ribolova, lova, stočarstva, poljoprivrede i trgovine. Predradnik je primao prihod od carina na uvoz robe, vlasništvo nad zemljom, pašnjake, ribolov.
Kozaci su se pridržavali samo svojih zakona, za manje stvari sudili su im u palankama, za značajne stvari - na koshevoyu. Počinitelj je mogao biti predan carskim vlastima, ali najčešće su oni sami bili kažnjavani, sve do smrtne kazne. Sič je brzo postala jedno od cvjetajućih regija Rusije. Palanketi su bili prekriveni selima i farmama.
Međutim, na Siču je bilo i ozbiljnih kontradikcija između predradnika i golota. Dakle, carska vlada je gotovo odmah prekršila obavezu da godišnje daje 20.000 rubalja plaće. Već 1738. počeli su davati samo 4-7 hiljada. Ostatak novca je naređeno da se plati iz vojnih sredstava, ali su bili prazni. Kao rezultat toga, vlasti su počele varati - "javno" su izdale 4 hiljade rubalja, ostatak novca tajno je prebačen predradnicima, poglavarima kurena. Međutim, Kozaci su brzo saznali za to: 1739. godine, koshevoy Tukal i starješine su srušili, pretukli i opljačkali njihovu imovinu (koshevoy je bio toliko teško pretučen da je ubrzo umro). U budućnosti su predradnici nastavili da se bogate. Konkretno, koshevoy Kalnyshevsky je jednom prodao 14 000 konja iz svojih stada. Obični kozaci bili su u siromaštvu, sve beneficije išle su u korist predradnika.
Obični kozaci radili su za predradnika, lovili ribu, a razvilo se i "gaidamastvo", odnosno pljačka. U donjem toku Buga su se približile ruska, turska i poljska granica, što je pomoglo da se sakrije nakon pljačke. 1750 -ih i 1760 -ih Gaidamache je postao prava katastrofa na ovim prostorima. Ljudi su se jednostavno plašili putovanja kroz regiju Bug. Pritužbe na kozake pristizale su iz Turske i Poljske. Upute carskih vlasti jednostavno su "spuštale kočnice". Trgovina je bila vrlo isplativa, a u tome su sudjelovali mnogi predradnici i uprava palanke. Kada je 1760. godine, pod pritiskom ruskih vlasti, Koshevoy Beletsky organizirao raciju za hvatanje pljačkaša, samo je 40 ljudi uspjelo uhapsiti. A čak su im i tada kurenski atamani zabranili izdavanje, raskomadali ih u kurene i nakon pokajanja pustili. Kad je ruska vojna komanda uspostavila patroliranje granicom s redovnim konjanicima i prigradskim kozacima, počeli su oružani okršaji.
Pojavio se još jedan razlog sukoba između Siče i centralne vlade. U tom razdoblju došlo je do aktivnog razvoja ranije praznih područja Divljeg polja i Kozaci su počeli braniti svoju "zakonitu" zemlju. Svoje su tvrdnje zasnovali na lažnom - "kopiji pisma Stefana Batorija", koji im je navodno dao zemljište u blizini grada Chigirina, uz Samaru i Južni Bug, lijevu obalu Dnjepra do Sjeverskog Donjeca. A budući da su ruski suvereniti, počevši od Alekseja Mihajloviča, potvrdili "bivše slobode Zaporožja", sama riječ "slobode" počela se tumačiti u teritorijalnom smislu. Zaporoški kozaci, braneći svoju "zakonitu" zemlju, nisu stali na upotrebi sile. Spalili su nekoliko novih naselja, rastjerali seljane. Kao rezultat toga, Kozaci su jednostavno postali drski, izazivajući centralnu vlast. Međutim, pod Elizabetom i Hetmanom Razumovskim to im je uspjelo.
Za vrijeme Katarine II situacija se promijenila. Ozbiljno se pozabavila poslovima labave Ukrajine. Godine 1763. Hetman Razumovski, koji je nagovijestio nasljedni status svog položaja, podnio je ostavku "svojom voljom". Mali ruski kolegijum je obnovljen. Za predsjednika je imenovan general P. A. Rumyantsev. Našao je sliku potpunog kolapsa u Ukrajini. Vojna elita, koja je vladala u ime Razumovskog, potpuno se otela kontroli. Predradnici su se pretvorili u svemoćne plemiće, prave lokalne "kneževe". Došli su do toga da su se međusobno borili, osporavali zemlju, naoružavali kozake i seljake. Stanovništvo je bilo izloženo nemilosrdnoj eksploataciji. Obični kozaci ili su bankrotirali, pretvarajući se u zemljoradnike, ili su se bavili ličnom poljoprivredom. Dekret iz 1721. o poticanju destilacije kozaka imao je negativan učinak na trupe. Mnogi ljudi su se sami pili do smrti, drugi su pili svoje zemljišne parcele na piće. Kao rezultat toga, maloruska vojska se razgradila. Rumyantsev nije mogao ni organizirati poštu: bogati nisu htjeli služiti, siromašni nisu imali priliku.
Bilo je potrebno poduzeti mjere za obnavljanje borbenih sposobnosti lokalnih trupa.1764. počeli su pretvarati kozačke jedinice u regularne. Od ukrajinskih pukova stvoreno je 5 husara: Crni, Žuti, Plavi, Srpski i Ugorski. Osim toga, stvorena su četiri pikinerska puka (Elisavetgradski, Dneprovski, Donjeck i Luganski). Kasnije je stvoreno još nekoliko husarskih pukova, a Landmilicija je reorganizirana u pješadijske jedinice. Ukratko, Ukrajina je morala izgubiti poseban status i izjednačiti se s ostalim ruskim pokrajinama. Sjedenje u tim planovima bila je ozbiljna prepreka.
Pažnja je skrenuta i na "državu u državi" - Zaporožju. Kosh je 1764. bio podređen Maloruskom kolegijumu. Uprava Zaporožja zaslužna je za to što više nije održavala izbore. Kozaci su bili ogorčeni i, suprotno uputama, održali su nove izbore, izabravši Kalniševskog za koshevskog. Novi koshevoy otišao je u Sankt Peterburg bez dozvole kako bi zahtijevao direktno podređivanje stranog kolegija i pokrenuo pitanje "legalne" zemlje Zaporožja. Rumyantsev je predložio carici da uhapsi delegate. Napravljen je nacrt reforme Siče. Međutim, Catherine nije poduzela oštre mjere, približavao se novi rat s Turskom, nisu htjeli zakomplicirati situaciju na jugu. Carica je ljubazno primila delegaciju. To je inspirisalo Kozake, vraćajući se na Seč počeli su se hvaliti da su "uplašili" vladu.
Godine 1767. zaprimljen je otkaz da su se Koshevoy Kalnyshevsky i službenik Ivan Globa složili da stupe u pregovore s turskim sultanom ako vlada ne ispuni njihove zahtjeve. Katarina je napustila otkazivanje bez posljedica, ali sudbina Siče već je bila unaprijed dogovorena. Rješenje problema samo je odgođeno do kraja rata s Osmanskim carstvom.
I sam vodstvo Siče pogoršalo je svoj nesigurni položaj. To nije samo izazvalo ruske vlasti, već je i stupilo u kontakt s Krimom i Turskom. Uoči rata, Kozaci su dobili pisma iz Bakhchisaraija i Istanbula, u kojima su bili u iskušenju s mogućnošću prelaska u službu Turske, obećavajući trostruku plaću. Francuski izaslanik Totleben posjetio je Sič u ime sultana. Kalniševski je odbio Turke, ali nije prekidao prepisku. Osim toga, dopustio je Totlebenu da razgovara s kozacima i nije ga izdao Rumyantsevu. Među kozačkom masom počela je zabuna. Kada su u decembru 1768. Kozaci dobili uputstvo da započnu rat s Turskom, pobunili su se. Kalniševski je morao ne samo da suzbije pobunu, već je zatražio pomoć od ruskog garnizona iz Novosečenkog. Nemiri su trajali nekoliko mjeseci, Kozaci su napustili granice, a Tatari su u januaru 1769. probili Ukrajinu.
U rusko-turskom ratu 1768-1774. Učestvovalo je 10 hiljada Kozaka (još oko 4 hiljade ostalo je na teritoriji Siče). U ratu su pokazali visoke borbene kvalitete, istaknuli se u izviđanju i prepadima te su igrali važnu ulogu u bitkama za Largu i Cahul. Pobjeda u ovom ratu bila je još jedan razlog za eliminaciju vojske Zaporožja. Sklapanjem sporazuma Kuchuk-Kainardzhiyskiy, Rusko Carstvo je dobilo izlaz na Crno more, stvorena je odbrambena linija Dnjepra, Krimski kanat je bio pred uništenjem. Drugi istorijski neprijatelj Rusije, katolička Poljska, izgubio je moć, pa je 1772. došlo do njene prve podjele. Zaporoški kozaci izgubili su svoju ulogu branitelja južnih granica.
U maju 1775. korpus generala Petra Tekelija preseljen je na Sič. Operacija je bila bez krvi. Starješine, shvativši da je otpor besmislen, zajedno sa svećenicima smirili su obične Kozake. Ukazom Katarine Zaporoška Seč je ukinuta. Obični kozaci nisu progonjeni. Neki su ostali u Ukrajini i nastanili se po selima i gradovima. Neki od zapovjednika dobili su oficirske činove, predradnici su postali plemići. Samo su tri kozaka - Kalniševski, vojni sudija Pavel Golovaty i službenik Globa osuđeni po optužnici za izdaju i prognani u manastire. Kalniševski je živio u Soloveckom manastiru do 112. godine, a umro 1803. godine, uzevši monaško dostojanstvo.
Dio Kozaka otišao je na Dunav pod vlašću turskog sultana i stvorena je Poddunavska Sič. 1828. trans-dunavski kozaci prešli su na stranu ruske vojske i lično ih je pomilovao car Nikola I. Od njih je stvorena azovska kozačka vojska. U Rusiji, tokom rata s Turskom, Aleksandar Suvorov 1787-1788. od kozaka bivše Siče i njihovih potomaka, organizirao je "Vojsku odanih Zaporožana". 1790. godine pretvorena je u crnomorsku kozačku vojsku, a zatim je dobila teritorij lijeve obale Kubanja. Kozaci su aktivno učestvovali u Kavkaskom ratu i drugim ratovima Ruskog carstva.
